УДК 575.22:577.29
AGRIS: L10

АНАЛИЗ ГЕНЕТИЧЕСКОГО РАЗНООБРАЗИЯ ЕСТЕСТВЕННЫХ ПОПУЛЯЦИЙ

И РЕМОНТНО-МАТОЧНЫХ СТАД СТЕРЛЯДИ

НА ОСНОВАНИИ ПОЛИМОРФИЗМА МЕЖМИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ МАРКЕРОВ

©Пелеева А. Р., ORCID ID: 0000-0002-6122-0934, Пермский государственный

национальный исследовательский университет,г. Пермь, Россия, al.peleeva@yandex.ru

©Комарова Л. В., ORCID ID: 0000-0002-7021-0017, Пермский государственный

национальный исследовательский университет,г. Пермь, Россия, lidie.komarova@mail.ru

©Васильева Ю. С., ORCID ID: 0000-0002-2255-2434, канд. биол. наук,

Пермский государственный национальный исследовательский университет,

г. Пермь, Россия, Yulianechaeva@mail.ru

 

Аннотация. Изучено генетическое разнообразие двух естественных популяций стерляди (Acipenser ruthenus L., Acipenseridae): из нижнего течения реки Сухона в Вологодской области и из среднего течения реки Кама Пермского края; а также двух ремонтно-маточных стад стерляди из Саратовского отделения ФГБНУ «ГосНИОРХ» и из рыбоводного хозяйства «ООО Тополь» Пермского края. Для определения показателей генетического разнообразия был использован ISSR (Inter Simple Sequence Repeats) — метод анализа полиморфизма ДНК с использованием ПЦР. У изученных выборок A. ruthenus выявлены 89 ISSR–PСR маркеров. В зависимости от праймера число амплифицированных ISSR–PCR маркеров A. ruthenus варьировало от 5 (праймер (CT)8TG) до 15 (праймер (CA)6GT), а их размеры — от 200 (ISSR–9 и X9) до 1500 (X9) пн. На общую выборку A. ruthenus доля полиморфных локусов высока и составила 0,910, ожидаемая гетерозиготность равна 0,296, а число эффективных аллелей — 1,518. Показатели генетического разнообразия выше в популяции из реки Кама (HE=0,224; ne=1,380) и ниже в ремонтно–маточном стаде из рыбоводного хозяйства «ООО Тополь» (HE=0,170; ne=1,290). Наибольшее число редких ISSR–PCR маркеров отмечено в природной популяции из реки Кама (R=3). В ремонтно–маточном стаде из «ООО Тополь» не выявлено ни одного редкого ISSR–PCR маркера. Генетически более гетерогенной является группа естественных популяций по сравнению с группой ремонтно–маточных стад стерляди. Установлена генетическая структура изученных двух естественных популяций (Gst=0,297) и двух ремонтно–маточных стад A. ruthenus (Gst=0,281). Даны рекомендации по использованию данных о генетическом разнообразии изученных популяций и стад стерляди для сохранения генофонда вида A. ruthenus.

 

Ключевые слова: ISSR-PCR маркеры, полиморфизм ДНК, природные популяции, ремонтно-маточные стада, Acipenser ruthenus.

 

Ссылка для цитирования:

Пелеева А. Р., Комарова Л. В., Васильева Ю. С. Анализ генетического разнообразия естественных популяций и ремонтно-маточных стад стерляди на основании полиморфизма межмикросателлитных маркеров // Бюллетень науки и практики. 2018. Т. 4. №4. С. 20-29. Режим доступа: http://www.bulletennauki.com/peleeva (дата обращения 15.04.2018). DOI:10.5281/zenodo.1218207

 

GENETIC DIVERSITY ANALYSIS OF NATURAL POPULATIONS

AND BROODSTOCKS OF STERLET BASED ON POLYMORPHIC ISSR-MARKERS

©Peleeva A., ORCID ID: 0000-0002-6122-0934, Perm State University,
Perm, Russia, al.peleeva@yandex.ru
©Komarova L., ORCID ID: 0000-0002-7021-0017, Perm State University,
Perm, Russia, lidie.komarova@mail.ru
©Vasileva Yu., ORCID ID: 0000-0002-2255-2434, Ph.D.,
Perm State University, Perm, Russia, Yulianechaeva@mail.ru

 

Abstract. Genetic diversity of two natural populations of sterlet (Acipenser ruthenus L., Acipenseridae) was researched: in the lower part of the Sukhona river in Vologda Region and in the middle part of the Kama river in Perm Krai; and also, two sterlet’s broodstocks Saratov branch of FSBSI GosNIORH and fish farm “Topol” in Perm Krai. ISSR (Inter–Simple Sequence Repeats) — method of DNA polymorphism analysis was used for identification of genetic diversity rate while using PCR. 89 ISSR–PCR markers in researched populations of A. ruthenus were identified. The number of amplified ISSR–PCR markers depended on primer and ranged from 5 (primer (CT)8TG) to 15 (primer (CA)6GT), and its size — from 200 (ISSR–9 and X9) to 1500 (X9) bp. In total samples of A. ruthenus the rate of polymorphic loci is high amounted to 0.910, the expected heterozygosity is 0.296 and the number of effective alleles is — 1.518. The index of genetic diversity is higher in population from Kama river (HE = 0.224; ne=1.380) and lower in broodstock from “Topol” fish farm (HE= 0.170; ne =1,290). The highest number of rare ISSR–PCR markers were identified in natural population from Kama river (R=3), while in broodstock from “Topol” fish farm no rare ISSR-PCR markers were identified. The group of natural populations is more genetically heterogeneous in comparison with the group of broodstocks. Genetic structure of two natural populations (Gst=0.297) and two broodstocks of A. ruthenus (Gst=0.281) was established. Recommendations for genetic diversity data using of the studied populations and broodstocks have been provided for the gene pool conservation.

 

Keywords: ISSR-PCR markers, DNA polymorphism, natural populations, broodstocks, Acipenser ruthenus.
 

Cite as (APA):

Peleeva, A., Komarova, L., & Vasileva, Yu. (2018). Genetic diversity analysis of natural populations and broodstocks of sterlet based on polymorphic ISSR-markers. Bulletin of Science and Practice, 4, (4), 20-29 doi:10.5281/zenodo.1218207